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結論から言うと、賃貸住宅建設でかかる消費税は、基本的には還付されません。
ただ、実は平成２２年度までは、法律の条文通りの解釈で、消費税を還付されるようにする方法がありました。平成２３年度より、税法改正で、この方法がとれなくなります。
そもそも、どういう場合に、消費税は還付されるのでしょうか？
消費税は、消費行動について課税される税金で、「最終消費者が支払う」という原則があります。
商品を売った業者は、消費者の支払った税金を代理して納めるだけで、税金を負担するわけではない、というのが考え方の基本となります。
事業で課税売上の出る商品を取り扱う場合、二重課税を防ぐため、国庫に納める税金は、商品を売ったときお客様から支払われた分の消費税から、仕入れ時に仕入先の業者に支払った消費税の差額となります。
例えば、２１０円（商品２００円＋消費税１０円）でボールペンを買って、３１５円（商品３００円＋消費税１５円）で売るとします。この事業者が納入しなければいけない消費税は、売ったときの消費税１５円から、買った時の消費税の１０円を引いた、５円ということです。
さて、もしこのボールペンが何かの事情で１０５円でしか売れなかったらどうでしょう？
仕入れ時に払った消費税は５円払いすぎになってしまいますね。
そうすると、この分の５円は、還付対象。国に言えば返してもらえる税金となります。
このような還付を受けるには、まず会社を設立して「法人」となっていること、また売り上げに課税される「課税業者」として届出を出しておくことが必要となります。
一方、ボールペンと違い、賃貸住宅の家賃は、消費税が非課税の売上となります。この場合、事業のために通常賃貸住宅を購入しても、購入者が全額消費税を負担することになります。
ただ、同じ建物でも、95％以上がテナント等の事業用の課税売上なら、先ほどのボールペンの例と同じ。
例えば１億円のビル建設でかかった５００万円の消費税は、売上が全部で１千万円しかなく、消費税も５０万円しか入らなかったとしたら、５００万円-５０万円＝４５０万円は還付の対象となります。
ただし、このまま課税業者でいますと、この後売上の額が大きく変動した場合、３年後には還付された金額が見直されます。その後の売上げ状態を加味し、還付額が多過ぎる分についてはもう一度徴収され、調整されることになります。
税法改正の原因となった、自動販売機等をおいて消費税を還付してもらう方法は、これを利用したもの。
まず、入居者が入らないうちに、自動販売機などを置いてわずかに課税売上をつくり、１年目の売上の全額を課税対象にします。すると、95％以上が課税売上になります。これで、課税業者として届け出ておけば、自動販売機からの小額売上の消費税と、賃貸住宅購入時の消費税の差額分が、「払いすぎ」として還付してもらうことができたのです。更に、２年過ぎれば届出て、課税業者をやめることができますから、３年後の調整もかかることはありませんでした。
今回の改正で、平成２２年の４月からは、課税業者になって高額の不動産を買ってから、３年は課税業者をやめることができなくなります。これで、必ず３年後の調整にかけられますから、今後は消費税は還付されても、調整され、再び徴収されることになるでしょう。（平成２２年３月の届出分までは、２年後の課税業者をやめることが可能です）
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